질문글을 요약해 보면, 악기별로 따로 따로 익스포트해서 그것을 다시 모아서 하나로 합치면 어떻게 되는가? 라는 이야기 같네요.

본능적으로 깨달으신것 같은데 말씀하신 부분이 믹싱의 기본입니다.

모든 악기를 분리해서 뽑은 후에 개별처리를 하는 것이 유리합니다. 다만 아무런 처리도 하지 않고 단순하게 트랙만 합치는 것이라면 [별 차이는 없습니다.]

당연하다면 당연한 이야기겠지만요..^_^;

부족한 답변이지만 약간이나마 도움이 되었으면 좋겠네요.

네 그 편이 좋습니다. 다만 따로 따로 모아도 아무런 이펙터 처리를 하지 않는 것이라면 [차이는 발생하지 않습니다.]

직접 실험해 보는 것이 가장 좋겠네요. (자신이 해야 할 부분까지 답변으로 어떻게 처리해줄 수 있는 부분이 아니지 않을까요.)

아니면 익스포트를 하지 마시고 아예 FL 내에서 에디슨으로 녹음을 하시고, 그 wav 파일을 추출해보세요