더 풍성한 사운드를 만들기 위해서가 아닐까 생각합니다.
악기를 있는 그대로 레이어링 하면 물론 지저분해지겠지만 믹싱을 하면 괜찮습니다.

그래서 비슷비슷한 음색을 여러개 만들어내서 레이어링하는데요, 여기서 더 팁이 들어가자면 코러스효과나 더블링효과를 꾀할 수도 있다는 겁니다.

레이어링 예를 들자면
피아노 멜로디를 바이올린과 같이 연주한다던가 피아노랑 리코더랑 연주한다던가 보컬과 다른 악기와 같은 멜로디를 연주한다던가 그런게 있겠네요
그런식으로 사운드를 풍부하게 만들어 줄 목적으로 사용할 수 있는거죠

질문처럼 레이어링을 했을 때 지저분해지는 사운드들과 아닌 것들이 있습니다
주로 베이스 레이어링에 안어울리는 사운드들이 많이 있는 것 같은데
그것에 어울리는 사운드를 만들거나 찾아내서 레이어링하여 멋진사운드를 내는건 이것저것 사운드 섞는걸 정말 많이 해봐야 합니다
뭐 어쩔 수 없습니다

당장 쉽게 레이어링해서 괜찮은 사운드 뽑을 수 있는것으로는 Supersaw가 있겠네요
얜 뭘 섞을수록 괜찮고 새로운 사운드가 나와서 재밌더군요